1949年，成立冀鲁豫区菏泽师范学校。同年，改为平原省菏泽师范学校。1952年，改为山东省菏泽第一师范学校。1958年，升格为菏泽师范专科学校。1963年撤销，并入菏泽师范学校。1970年，重建菏泽师范专科学校。2002年，菏泽教育学院、山东广播电视大学菏泽分校、菏泽农业学校、菏泽师范学校并入。2004年贝语网校，升本成立菏泽学院。2011年一流范文网，山东省单县师范学校、山东省郓城师范学校并入。2012年，采取省市共建，以省为主。2025年，收购原菏泽医专大学路校区，菏泽学院单县分校、郓城分校、东校区迁入物业经理人，菏泽学院实现整体办学。
占地面积1424亩，下设23个二级学院，开办69个本科专业。拥有教职工1734人钓鱼网，其中专任教师1282人，具有博士学位教师390人、高级职称教师565人。2025年在全国本科招4240人，在山东本地招生3938人。2025年，在山东本地专科招生1400人。
中外合作：无
国家一流专业：无
省一流专业：体育教育、化学工程与工艺、生物科学、生物工程、机械电子工程、自动化、财务管理、音乐学
省重点实验室：动物生理生化与应用实验室
应用化学、理论物理为省重点学科，是山东省高校最早设立体育教育专业的院校之一起步网校，也是山东省高校开办武术与民族传统体育专业四所院校之一，是全国30所足球运动专业首批布点高校之一。汉语言文学、历史学、数学与应用数学、物理学、电子信息科学与技术、物流管理、金融工程为校一流专业，与菏泽市委宣传部共建菏泽新闻传播学院。生物与医药、农业为校重点学科，工程管理为硕士培育点。
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